Aunque este texto no recoge todas las opiniones de Darwin sobre Dios, lo muestra paradigmáticamente como un amigo de la razón y un enemigo mortal de la superstición; adelantando las teorías evolucionistas de la religión de hoy mismo. A pesar de que Darwin no apoya un atéismo explícito, sino un prudente y tibio teísmo, uno puede comprender fácilmente el escándalo que causaron sus peligrosas analogías naturalistas sobre el origen de la religión entre los teólogos y la mentalidad creacionista omnipresente.

El "Dios de Darwin" es un creador metafísico del universo que conoce, suponemos que por "ciencia media", el origen y el destino del mundo, pero que no interviene milagrosamente en su evolución. Sin embargo, la religión es un fenómeno natural, gradualmente desarrollado desde el animismo al monoteísmo, y en cuya formación no cabe suponer saltos abpruptos o demasiado misteriosos.

No hay prueba de que el hombre desde su origen creyera noblemente en la exitencia de un Dios omnipotente. Por el contrario, sábese muy bien, no por viajeros de paso, sino por hombres que por mucho tiempo han resisido entre salvajes, que han existido y aún existen muchas razas que no tienen idea alguna de uno o muchos dioses y que carecen de palabras en su lenguaje para expresar esta idea. Esta cuestión, como se ve, es muy distinta de aquella más elevada de saber si existe un creador y providencia del universo, lo cual ha sido siempre resuelta afirmativamente por los entendimientos más elevados de todos los tiempos.

Sin embargo, si bajo la palabra religión comprendemos la creencia en agentes invisibles o espirituales, entonces varía mucho la cuestión, porque esta creencia parece casi universal en las razas menos civilizadas. Mas no es en modo alguno difícil de explicar su origen natural. Tan pronto como las facultades importantes de la imaginación, empezaron a desarrollarse parcialmente, el hombre naturalmente trató de explicarse todo lo que le rodeaba y empezó a especular aunque vagamente, sobre su propia existencia. Como dice Lennan, "el hombre, aunque no sea más que obedieciendo a sus propios impulsos, tiene que inventarse alguna explicación de los fenómenos que le rodean; y a juzgar por su universalidad, la hipótesis más simple, la primera que se le presentó, parece que fuera atribuir los fenómenos naturales a la presencia, tanto en los animales, plantas y demás seres, como enl as mismas fuerzas de la naturaleza, de espíritus prontos a obrar, agentes verdaderos y semejantes como el que el hombre mismo cree poseer". También es probable, como lo demuestra Taylor, "que los sueños hayan dado origen a la primera noción de espíritus, porque los salvajes no saben distinguir apenas las impresiones subjetivas de las objetivas. Cuando un salvaje sueña cree que las figuras que se le representan vienen de lejos y que son superiores, o que el alma del soñador parte a un viaje, y regresa después con el recuerdo de lo que vio." Sin embargo, era menester que llegase a su completo desarrollo las facultades de la imaginación, curiosidad, razón, etc., en el espíritu humano, para que los sueños implusaran al hombre a la creencia de los espíritus, porque de otro modo no le producirían mayor efecto que lo que en el perro vemos.

(…) No hay más que dar un paso de la creencia en agentes espirituales a la de existencia de uno o más dioses. En efecto, los salvajes atribuyen naturalmente a los espíritus las mismas pasiones, el mismo amor a la venganza, la forma más simple de la justicia y las mismas afecciones que ellos experimentan. Los fueguinos en esto parecen representar  un estado intermedio, porque, cuando el cirujano del buque Beagle mató algunas anadejas para enriquecer su colección, Yorck Minster pronunció del modo más solemne las siguientes palabras: "¡Oh M. Mynoe, mucha lluvia, mucha nieve, mucho viento!", con lo que daba a entender que tales calamidades habían de ser el castigo de aquel desperdicio de alimentos; después de lo cual relató al cazador que habiendo matadoun hermano suyo en cierta ocasión a un salvaje, sobrevinieron grandes tormentas, muchas lluvias y abundantes nieves. Sin embargo, nunca pudimos averiguar que los fueginos creyeran en algo que pudiéramos llamar Dios, ni practicaron tampoco rito alguno religioso. Jeremy Button sostenía resueltamente y con cierto orgullo que en su país no había diablos. Esta última afirmación es tanto más notable cuanto que es más común entre los salvajes creer en los malos espíritus que en los buenos.

Más complejo es aún el sentimiento religioso de la devoción, que consiste en el amor, en la completa sumisión a un ser misterioso y superior, en un gran sentimiento de dependencia, temor, reverencia, gratitud, esperanza en lo futuro y quizá otros elementos más. Ningún ser puede experimentar emoción tan compleja sin haber dado grandes pasos en el desarrollo de las facultades intelectuales y morales, llegando por lo menos a un nivel considerablemente elevado. Sin embargo, vemos alguna, aunque poca, analogía con esto en el profundo amor que el perro demuestra a su dueño, amor en que va unida también una completa sumisión, algún temor, y quizá otros sentimientos. La conducta del perro cuando de nuevo ve a su amo después  de una ausencia, y añadirá la de un mono con un guarda, a quien idolatra, son muy diferentes de las que estos animales tienen con sus semejantes. En este último caso los transportes de alegría parecen ser menos intensos y en todas las acciones se echa de ver mayor igualdad. Estas reflexiones son las que han hecho aventurar al profesor Braubach que el perro mira a su amo como a un dios. Las mismas elevadas facultades que condujeron al hombre a creer primero en agentes invisibles y espirituales, después al fetichismo, politeísmo y últimamente al monoteísmo, le hubieran infaliblemente arrastrado, mientras sus facultades permanecían escasamente desarrolladas a otras supersticiones y costumbres raras. Da horror sólo pensar en algunas de éstas: los sacrificios humanos hechos a un dios sediento de sangre, la ordalía por medio del veneno o el fuego, los sortilegios u otros abominables artificios. Con todo, bueno es que algunas veces reflexionemos en tales supersticiones, porque así nos muestran cuán mucho debemos a los progresos de la razón, a la ciencia y a nuestros conocimientos acumulados. Según muy bien observa Lubbock "no es mucho decir que el horrible temor del mal desconocido se cierne como espesa nube sobre la vida del salvaje, acibarando todos sus placeres". Estas desventuras e indirectas consecuencias de nuestras facultades superiores pueden compararse con los errores incidentales y ocasionales que cometen los instintos de los animales inferiores.

Creencia en Dios. Religión en El origen del hombre, capítulo III